Desde la fundación de Rocamador en 1512, tanto el monasterio como la iglesia estuvieron dedicados a Ntra. Sra. de Rocamador, esta advocación de la Virgen María se sustenta en dos teorías, la primera, afirma la relación con la Virgen del mismo nombre, situada en el Santuario de Rocamadour, dentro del departamento francés de Lot. Por su parte, la segunda teoría debatida por diversos autores, contextualiza el nombre del monasterio con el paraje rocoso en el que se sitúa.

«Disfruta de nuestra gastronomía en la iglesia del monasterio, convertido a restaurante»

A pesar de tener el monasterio y la iglesia a Ntra. Sra. de Rocamador como titular, no consta la existencia de una imagen con tal advocación, puesto que el retablo mayor de la iglesia estaba presidido por la primitiva Virgen de la Encarnación.

La orientación de la Iglesia es de este oeste. La planta de la Iglesia es de Cruz latina, compuesta por una nave y una capilla mayor orientada al Este por la identificación cristiana Dios-Luz.

Respecto a los rasgos arquitectónicos de la iglesia, esta posee una única nave de unos dieciocho metros de largo por seis de ancho, así mismo, se divide en tres tramos delimitados por arcos formeros, podemos observar como a los pies de la nave se conserva el antiguo coro. El presbiterio, se dispone a modo de capilla mayor, de forma cuadrangular, en él se dispone el retablo mayor (s. XVIII), de estilo barroco con influencias neoclásicas. Para el dorado del retablo, Dª Blanca de Vargas (vecina de Mérida, con propiedades en Barcarrota) donó 100 ducados; entregó además, 300 ducados para la conservación de la iglesia. Esta señora fue una gran benefactora de la comunidad franciscana de este monasterio, hecho por el cual mandó construir una cripta bajo la capilla mayor, con la finalidad de servir como lugar de enterramiento tanto de los miembros de su familia, como de los frailes del monasterio.

En la actualidad, no se celebra ningún culto religioso en el interior de la iglesia, puesto que desde la partida de los franciscanos descalzos, como consecuencia de las desamortizaciones del primer tercio del s. XX, este lugar se encuentra desacralizado. La iglesia cumple la función de restaurante del hotel, un singular salón, en el que la gastronomía y el pasado del edificio se unen. Desde Pago de las Encomiendas se ha adecuado el espacio aportando diversas piezas artísticas, tales como los sitiales del coro o el retablo de la Anunciación de la capilla de la salmantina Casa de las Muertes, aportaciones realizadas con la finalidad de realzar el espacio.